Názov obce sa v podobe Wamus nachádza v súpise vyberača pápežského desiatku z roku 1268. Jedná sa o odvodenine z maďarského názvu pre mýtne miesto (vámos hely). Napriek tomu, že je obec spomínaná pomerne skoro, presný dátum jej vzniku je nejasný, pretože sa nenachádza ani v súpisoch strážnych miest.
Obcí s týmto názvom jestvovalo v starom Uhorsku viac, preto žitnoostrovské mýtne miesto dostalo rozlišovací názov Felső Vámos (Horné Mýto) a mýtne miesto v Szigetközi Alsó Vámos (dolné mýto, dnes Vámosszabadi), ale obec sa až do roku 1913 nazývala Vámosfalu.
V portálnom súpise z roku 1553 vlastní v obci Gašpar Serédy 4 a Michal Mérey 3 porty, z ktorých museli platiť daň.
O Hornom Mýte sa dochovalo, že 23. februára 1683 obec prepadlo tristo Turkov, ktorí ju vyrabovali a podpálili a 104 jej obyvateľov, ktorí sa nestačili ukryť, odvliekli do zajatia.
Neskôr sa aj majiteľmi tejto obce a jej poddaných (podobne ako v mnohých ďalších obciach Žitného ostrova) stávajú Pálffyovci. K obci patrili samoty Göbölmező-puszta a Holt-víz.
Na konci 19. storočia museli Hornomýťania takmer pre všetko chodiť do Trhovej Hradskej či Dolného Baru. V roku 1938 mala obec 790 maďarsky hovoriacich obyvateľov a 2012 katastrálnych jutár pôdy.
Kostol spomína už Pázmányov súpis ako starý, zrejme jestvoval už v 14. storočí, ale dávno podľahol zubu času. Nový barokový kostol bol postavený na jeho mieste v roku 1775 a v 19. storočí bol prestavaný na klasicistický.
V rokoch 1960–1990 bolo Horné Mýto zlúčené s Trhovou Hradskou do obce s názvom Trhové Mýto.